Gol Will Grigg di menit ke-79 memastikan harapan City untuk meraih gelar di semua kompetisi kandas.
Dan bek tengah Inggris ini mengatakan hasil ini adalah pukulan pahit bagi the Blues yang mendomasi permainan di DW Stadium.
"Mereka punya satu peluang dan mencetak gol. Tersingkir di FA Cup kesalahan kami," ujar Stones.
"(Suasana di ruang ganti) adalah kekecewaan besar untuk diri kami.
"Kami ingin bersaing di keempat kompetisi hingga akhir. Hari ini adalah final untuk kami tapi ini tidak akan mudah, bertandang ke tim divisi bawah dengan kondisi dan segala hal yang datang bersamanya.
"Ini adalah pukulan. Saya tidak bisa berkata lebih banyak."
City bermain dengan 10 pemain usai Fabian Delph diusir wasit di menit 45.
Wasit Anthony Taylor memberikan kartu merah langsung usai pelanggaran kepada Max Power, memaksa Pep Guardiola tampil di babak kedua dengan 10 pemain.
Tapi Stones enggan menyebut diusirnya Delph adalah alasan timnya mendapatkan hasil tersebut.
"Ini tentu sulit. Tentu kertu merah adalah faktor besar di pertandingan tapi saya pikir kami setidaknya pantas mendapatkan laga ulangan," Tambah Stones.
"Mereka punya satu peluang dan mencetak gol.
"Kartu merah punya efek yang besar. Anda butuh 11 pemain di lapangan setiap saat. Saya tidak mengatakan apakah itu adalah kartu merah atau tidak karena saya belum melihatnya.
"Ini adalah masalah yang harus Anda hadapi. Saya pikir kami mendominasi pertandingan dan menciptakan banyak peluang dan pantas memenangkan pertandingan."
