Dominik Szoboszlai mencetak gol dari titik putih pada menit ke-66 untuk memberi tuan rumah kemenangan 1-0 yang mengejutkan di Budapest.
City memiliki tiga pemain yang ambil bagian selama 90 menit.
Kyle Walker memulai pertandingan sebagai bagian dari tiga bek dan digantikan oleh rekan setimnya di City John Stones pada menit ke-62.
Jack Grealish juga masuk sebagai pemain pengganti pada menit ke-62, menggantikan pemain Chelsea, Mason Mount.
Raheem Sterling adalah pemain pengganti yang tidak digunakan dan akan berharap untuk bermain melawan Jerman pada Selasa malam, sementara Phil Foden ditarik dari skuad setelah dinyatakan positif COVID-19.
CITY+ | daftar untuk akses momen eksklusif
Dalam permainan dengan sedikit peluang, Hungaria dihadiahi penalti beberapa saat setelah keluarnya Walker, ketika Reece James dan Zsolt Nagy dari Hungaria terlibat di dalam kotak dan wasit menunjuk titik putih.
Szoboszlai memasukkan bola ke gawang dan baik Stones maupun Grealish tidak mampu mempengaruhi permainan dalam waktu yang tersisa dalam apa yang ditampilkan di bawah par oleh Inggris.
Bos Southgate kemungkinan akan mengocok ranselnya untuk pertandingan tandang hari Selasa ke Jerman.
Ilkay Gundogan masuk setelah 69 menit saat Jerman bermain imbang 1-1 melawan Italia asuhan Roberto Mancini.
Azzurri unggul satu menit setelah masuknya Gundogan, tetapi Jerman menyamakan kedudukan tiga menit kemudian berkat penyelesaian keren dari Joshua Kimmich.
Gundogan melakukan upaya menjanjikan namun berhasil diselamatkan lima menit kemudian saat Jerman selesai dengan kuat, tetapi pertandingan berakhir 1-1 untuk memastikan Inggris berada di dasar Grup E dengan satu pertandingan dimainkan.
Di tempat lain, Gavin Bazunu adalah pemain pengganti yang tidak digunakan untuk Republik Irlandia yang juga dikalahkan 1-0 - oleh Armenia - dalam pertandingan pembukaan Liga Bangsa-Bangsa.