Itu adalah penampilan ketiga pemain berusia 26 tahun itu di turnamen sebagai bek tengah, tetapi ia tidak berpasangan dengan rekan setimnya di City Aymeric Laporte yang duduk di bangku cadangan untuk pertama kalinya di Qatar.
Pada malam yang penuh liku-liku, Spanyol sesaat seperti akan pulang ketika Kosta Rika memimpin melawan Jerman di pertandingan lain Grup E.
Tapi kemenangan 4-2 tim Hansi Flick akhirnya membantu mengamankan perjalanan untuk tim Luis Enrique dengan selisih gol.
Alvaro Morata dua kali bangkit dari bangku cadangan untuk mencetak gol dalam dua pertandingan pembukaan Spanyol, dan dia memanfaatkan peluang awalnya melawan Jepang dengan memecah kebuntuan.
Mantan pemain Chelsea itu dengan cerdas melayang di antara dua bek untuk melompat tinggi dan menyundul umpan silang akurat Cesar Azpilicueta.
Dengan peluang yang sedikit dan jarang, Spanyol memimpin tipis memasuki interval, meski terlihat nyaman sepanjang babak pertama.
Tapi keunggulan mereka terhapus lima menit setelah jeda saat Jepang mencetak dua gol cepat.
Yang pertama datang ketika Ritsu Doan melepaskan tendangan melengkung dari tepi kotak yang hanya bisa ditepis oleh Unai Simon tetapi melesat ke gawang.
Asuhan Hajime Moriyasu kemudian memimpin beberapa saat kemudian ketika Ao Tanaka menyontek bola umpan dari Kaoru Mitoma dari pinggir lapangan.
Ada kekhawatiran VAR sesaat untuk Jepang tetapi gol itu dinyatakan sah.
Angin telah diambil dari layar pemenang Piala Dunia 2010 dan lawan mereka kemungkinan besar akan mencetak gol lagi.
Mitoma, pemain Brighton menyebabkan masalah di sayap kiri dan tendangannya ke sayap dan umpan silang disambut oleh Doan yang tidak bisa mengarahkan usahanya ke arah gawang.
Kekalahan untuk Spanyol berarti mereka finis kedua di Grup E, memberi mereka pertandingan babak 16 besar dengan Maroko pada Selasa 6 Desember pukul 15:00 (Inggris).